康熙十二年（1673）十一月二十一日，吴三桂在表面答应撤藩并于当月二十四日启程赴京的前3天，正式起兵反清。一时间，时任总督、巡抚、提督、总兵等地方大员的原明朝降清之武将纷纷加入，据统计竟多达20位，使吴三桂迅速集结起14万兵力，攻占了滇、黔、湘、蜀四省，加上广西孙延龄（汉族公主孔四贞的丈夫）和福建靖南王耿精忠随之反清，六省失陷，中原动摇。吴三桂更欲裂土为王，并请西藏之达赖喇嘛为之出面调停。
但康熙帝胸有成竹，不听达赖喇嘛之言，调兵遣将，精心布局，力争将战事控制在滇、黔、湘等三省之内，并为集中打击吴三桂，剿抚并用，下令停撤耿、尚二藩以孤立之。就在吴三桂自恃已占有半壁江山，长子又尚皇十四女建宁公主而为皇帝懿亲，认为朝廷必定会恩养其子吴应熊用以招抚之时，康熙十三年（1674）四月十三日，圣祖采纳诸王大臣之议，将额驸吴应熊及其子吴世霖于京师处以绞刑。清廷此举予吴三桂以致命打击，听到其子应熊及孙世霖被处决的死讯，吴三桂亦“惊悖气夺，遂底于亡”，即不久亦一命呜呼了。
从客观上讲，康熙帝此时确实不仅在政治上，而且在心理上战胜了挑起三藩之乱的吴三桂，但对于皇十四女建宁公主而言，这一切却犹如噩梦，33岁时突然就家破人亡了。从前，下嫁汉族权臣之子是清廷为了实现笼络汉臣之意，而今父债子还甚至是由孙子来还，又是清廷为巩固政权的明智之举。当其时也，康熙帝下谕旨，认为“乱臣贼子，孽由自作，刑章俱在，众论佥同，朕亦不得而曲贷之也”。将额驸吴应熊正法，为的是“以寒老贼之胆，以绝群奸之望，以激励三军之心”。如果说，作为侄儿的圣祖玄烨没有考虑过姑母建宁公主，也许是有些冤枉，因为在额驸吴应熊死后，康熙帝经常下诏慰藉公主，称建宁公主一生“为叛寇所累”。但事情的结果已成定局，面对丧夫失子之痛，皇十四女建宁公主该如何独处于世呢？世间但见豪气干云，谁怜儿女情长？身在其中的建宁公主恐怕只能自啖苦果，日日煎熬。此后相思之梦，尽在绞刑架下。
康熙二十年（1681），历时8年之久的三藩之乱终于尘埃落定。三藩之中，吴三桂于康熙十七年（1678）八月卒，其孙吴世璠继立。康熙二十年（1681）十月二十八日，吴世璠自杀，云南自此平定。
靖南王耿精忠参与反叛，康熙十四年（1675），其弟和硕额驸耿聚忠即尚顺治帝抚女和硕柔嘉公主者，奉命前往福建招降其长兄耿精忠时，耿精忠拒不纳。后在清军的强大攻势下，耿精忠出福州城归降。三藩之乱平定后，靖南王耿精忠的两个弟弟耿昭忠和耿聚忠共同弹劾其兄，称其不知悔改，一意孤行，不仅杀害了反对谋反的总督范承谟（清着名文臣范文程之次子）一家数十人，陈尸于道令人侧目，还因生母周氏哭阻耿精忠纠众反戈，以致最后其母被逼殒命。最为可恶的是，耿精忠还声称其祖父耿仲明当年与吴三桂于山海关曾有成约要反清复明，以贻祸祖父与手足。最后，耿精忠被清廷黜爵磔死（即五马分尸），籍没家产。其两位弟弟免议连坐，将其家属编为5佐领，归隶正黄旗汉军，福建之藩遂不复存在。
平南王尚可喜值逆藩吴三桂、耿精忠反清之时，心无二志，但虑其长子尚之信不可恃，故遣其次子尚之孝进军讨逆广东。但其长子尚之信与吴三桂同谋，受吴三桂招讨大将军之伪号，改帜易服，并派重兵把守其父所居之府幽禁之。尚可喜忧愤之下，于康熙十五年（1676）辞世。广东地方官员纷纷抵制反清，加之此时耿精忠已降，故尚之信又复降清。但此后，尚之信心怀二意，不肯出力协助剿灭吴三桂，被清廷赐死。对于尚藩建制，康熙帝准和硕额驸尚之隆即尚顺治帝抚女和硕和顺公主者，携其弟尚之孝前往广东移尚可喜之骸骨与家口迁往海州（今辽宁海城），将尚之孝、尚之隆等家下人口编为5佐领，隶汉军镶黄旗下，完成了对尚氏的撤藩安置。
因此，历史上真实的建宁公主，并没有和吴应熊虚与委蛇而嫁给“韦小宝”去快活逍遥，而是月寒日暖煎人寿，莫问当年事，因为往事不堪回首。康熙四十三年（1704）十二月，皇十四女建宁公主在熬过了30年的凄清萧索岁月后与世长辞，时年63岁。