拥护共和
武昌起义
1911年10月10日武昌起义爆发，清廷震动，清兵与革命军在汉口激战，23日清廷谕江北提督段祺瑞，尅日由海道北上，径赴湖北参与战争，25日派段祺瑞任第二军总统官（也称军统，即军长），直接由复起的钦差大臣袁世凯指挥。11月13日，袁世凯令段祺瑞急赴山西处理“吴禄贞刺杀案”善后。18日袁世凯令段祺瑞南下兼任第一军总统官，并署湖广总督，官位正二品。12月14日与冯国璋移交第一军军统关防要卷，驻师湖北孝感，全权主持前线和革命军作战任务，以武力压迫革命军。
逼清廷退位
1912年1月5日段祺瑞自汉口退驻孝感，7日派总参赞官靳云鹏自汉口到北京，谋联合各军，要求共和。1月26日，段祺瑞秉承袁世凯意旨，联名四十六名北洋高级将领电促清廷退位，“立定共和政体”注（1），袁世凯、徐世昌、冯国璋、王士珍致电段祺瑞，请其劝告各将领切勿轻举妄动。2月5日，段祺瑞又联合第一军八名协统以上将领发代奏电注（2），声称将“率全体将士入京”，10日将司令部从湖北孝感迁到河北保定，作出进京逼宫的姿态，11日到京。2月12日，清隆裕太后迫于各方面压力终于下了清帝退位诏书，此即段祺瑞“一造共和”。
二造共和
1912年2月15日袁世凯被南京临时参议院推举为临时大总统，17日袁令段祺瑞署理陆军部总长，有训练、调遣军队和提拔军官的权力。3月10日，袁世凯在北京任中华民国临时大总统，11日任命唐绍仪为内阁总理，29日通过段祺瑞为陆军总长，北京第一届内阁组成，段祺瑞积极参与袁世凯打击责任内阁与革命党人的活动。8月16日，段以陆军总长身份副署，使袁世凯、黎元洪杀害武昌首义元勋张振武的阴谋得以实现，22日参议院对段祺瑞提出弹劾，23日段祺瑞赴参议院答辩。9月7日，袁世凯颁令段祺瑞授为陆军上将。10月9日特授勋一位，给予二等嘉禾章。
1913年3月10日，段祺瑞与德国捷成洋行签订二亿两借款合同，用于购买军火镇压革命。5月1日，段祺瑞以陆军总长代理国务总理，面对众议院国务委员的质询（关于善后大借款）傲然不答。7月17日卸代总理。7月19日再代理国务总理，参与调兵镇压国民党的“二次革命”。8月26日新任国务总理熊希龄到任，段祺瑞仍任陆军总长。12月8日，段祺瑞受袁世凯命到武昌以“磋商要政”为词“迎接”副总统黎元洪入京，9日晚黎元洪等十数人在陈宦的押解式的陪同下登车北上，10日袁世凯就公布了以陆军总长段祺瑞暂代领湖北都督的命令。
1914年2月1日，袁世凯召段祺瑞回京供职，另遣段芝贵署理湖北都督。2月13日兼领河南都督（原都督张镇芳因白朗起义被撤职），调集豫、鄂、皖等省军队镇压白朗起义。4月3日袁世凯招段祺瑞进京重任陆军总长，以田文烈署河南都督。5月8日，袁世凯设立“陆海军大元帅统率办事处”为政府最高军事指挥机关，将陆军部的权力收归己有，陆军总长降为办事处的一个办事员，段祺瑞对此极为不满，经常借故缺席会议，公务也交陆军次长徐树铮处理。6月30日，袁世凯下令于京师建立将军府，并设将军诸名号，同时任命段祺瑞为建威上将军，管理将军府事务。10月8日给予一等文虎章。
1915年1月18日，日本向袁世凯提出“二十一条”，2月1日段祺瑞、冯国璋领衔十九省将军致电北洋政府表示反对，谓“有图破坏中国之完全者，必以死力拒之，中国虽弱，然国民将群起殉国”。3月19日袁世凯召开对日会议，段祺瑞主张强硬。5月2日，参谋总长黎元洪、陆军总长段祺瑞、海军总长刘冠雄率三部之远赴关岳庙宣誓，以示军人忠诚卫国。5月8日，内阁讨论日方关于要袁世凯签订“二十一条”的最后通牒，段祺瑞独持异议，主张动员军队，对日采取强硬态度，袁世凯决定屈从，30日段称病辞职，31日袁世凯以王士珍署理陆军部总长，并就段祺瑞养病下抚慰令注（3），段祺瑞给假两个月，隐居西山。8月3日，因日本报纸谓段祺瑞与袁世凯将决裂，段通电辟谣，斥报纸挑拨离间。8月14日北京成立“筹安会”，段祺瑞对袁世凯帝制行为表示不满。8月28日，袁世凯下令正式免段祺瑞陆军总长职。12月袁世凯称帝大封爵位，段祺瑞并未授爵。
1916年3月22日，袁世凯被迫取消洪宪帝制，为对南方用兵只好请段祺瑞复出，23日令段祺瑞任参谋总长。4月22日，段祺瑞代徐世昌为政事堂国务卿，23日兼陆军总长，免参谋总长，5月8日撤销政事堂恢复国务院和总理名称，实行责任内阁制，段祺瑞任国务总理。但袁对段并不放心，不但不采纳段祺瑞的建议，反而暗嘱梁士诒以掣其肘，这加深了段的怨恨，对当时军事政局的变化也不尽心。5月12日，段祺瑞下令中国银行、交通银行两行停止兑付现金，促使人们对袁更加不满。6月6日袁世凯病死，7日黎元洪继任大总统，此为段祺瑞“二造共和”。
三造共和
1916年6月22日段祺瑞通电，反对恢复民元约法，仍以民三约法为行政标准。6月23日公祭袁世凯，以段祺瑞代表北洋政府主祭。6月29日废“国务卿”，段祺瑞再次被任为国务总理兼陆军总长，组织责任内阁，皖系势力逐渐形成。8月21日特任段祺瑞为国务总理兼陆军总长，掌握了北京政府实权，而段祺瑞独断专行，演成“府院之争”。10月10日授一等大绶宝光嘉禾章。11月8日，段祺瑞因孙洪伊、徐树铮矛盾与黎元洪闹翻，不到国务院办公，徐世昌入京调和。11月20日黎元洪免内务总长孙洪伊职。12月24日，段祺瑞亲自与日本首相代表密谈，商讨“中日亲善”问题。
1917年2月16日，段祺瑞力主加入协约国，黎元洪表示反对，因对德宣战问题府院发生激烈冲突，段祺瑞操纵督军团胁迫反参战势力。3月4日，段祺瑞及全体国务员在总统府会议对德问题，即请总统黎元洪令驻协约国公使，向驻在国政府磋商与德国绝交条件，黎元洪主绝交案应先俟国会同意，段祺瑞负气去天津，5日黎即派冯国璋、汤化龙挽留，6日回京，9日招待参众两院议员，说明对德绝交案。5月10日众议院开全院委员会，审查对德宣战案，段祺瑞促使公民请愿团包围该院（靳云鹏、傅良佐指挥），迫于当日通过该案，殴打反对派议员，百端辱詈，众院即改开大会，请段祺瑞等出席，公民团始散，19日众议院议决缓议对德宣战案，须先改组内阁，各省督军责要求解散国会，20日段祺瑞对各督军解散国会呈文，决定不退亦不批，矛盾已不可调和，21日黎元洪告督军团，请解散国会于法无据，惟有请段祺瑞辞职一途。
讨伐张勋
1917年5月23日，黎元洪免段祺瑞国务总理之职，以伍廷芳为代理总理，通电各地注（4），督军们闻讯后暴跳如雷。27日黎元洪任命李经羲为国务总理，随后，安徽、河南、浙江、山西、山东、陕西、福建、奉天、直隶和黑龙江等省纷纷宣布独立。6月14日张勋以调解黎段冲突为名带兵进京，7月1日竟拥清废帝溥仪复辟，2日黎元洪只得下令免去李经羲的总理职务，重新起用段祺瑞为总理，并令段以总司令名义兴师讨逆，段祺瑞立即到马厂准备讨逆。3日原副总统冯国璋在南京通电代理总统，段祺瑞以讨逆军总司令名义发出讨伐张勋的通电，4日在马厂誓师，并与冯国璋联电数张勋八罪，5日发表讨伐张勋檄文注（5），即以讨逆军总司令名义派段芝贵为东路司令，曹锟为西路司令，倪嗣冲为皖鲁豫联军司令，并以梁启超、汤化龙、李长泰、徐树铮为参赞，靳云鹏为总参议，傅良佐、曲同丰为军事参议，张志潭为秘书长，曾毓隽、刘崇杰、叶恭绰、丁士源分任军需、交涉、交通、军法处长。7月5日，段祺瑞回到天津，宣布正式就任国务院总理之职，6日讨逆军开始进攻，12日即攻入北京，张勋狼狈逃避，复辟乱平，黎元洪被迫去职，14日段祺瑞进京视事，15日兼陆军总长，17日正式任国务总理兼陆军总长，此为段祺瑞“三造共和”，其声威如日中天。
武力统一
1917年8月1日原副总统冯国璋到北京代理总统，段祺瑞掌握实权，14日对德宣战，他拒绝恢复《临时约法》和国会。9月10日孙中山在广州成立护法军政府，段决定推行武力统一政策，受到冯国璋为首领的直系的阻挠，段祺瑞仍命令部队南下作战。10月14日，前方将领王汝贤、范国璋通电请求停战议和。11月19日段祺瑞被迫辞陆军总长职务，22日辞国务总理，但他策动督军团主战。12月18日冯国璋被迫请段复出，特派督办参战事，北洋军立即开始对南方用兵。
1918年3月1日督办参战事务处成立，靳云鹏任参谋处长，张志潭任机要处长，罗开榜任军备处长，陈箓任外交处长，各部总长为参赞，次长为参议。3月7日北洋集团形成了段祺瑞把持的官僚政客组成“安福系”，实际控制者为徐树铮，给以财政支持者为曹汝霖。3月19日，曹锟（直）、张作霖（奉）、倪嗣冲（皖）、王占元（鄂）、杨善德（浙）、卢永祥（沪）、李厚基（闽）、阎锡山（晋）、陈树藩（陕）、张怀芝（鲁）、赵倜（豫）、鲍贵卿（黑）、张广建（甘）、姜桂题（热）、田中玉（察）、蔡成勋（绥）等十五省联电请段祺瑞组阁，徐世昌即命田文烈劝告冯国璋，非段出恐兵变，23日冯国璋被迫复任段祺瑞为国务总理，29日第三次段内阁组成。4月天津裕元纱厂正式投产，董事会成员有段祺瑞、倪嗣冲、徐淑铮、曹汝霖、王揖唐、段芝贵等，王郅隆任董事长。4月20日，国务总理段祺瑞偕吴鼎昌、曾毓隽、叶恭绰自北京赴汉口前线视察，21日段祺瑞抵汉口，河南督军赵倜同行，晤曹锟、王占元，商湘粤军事，调奉军两旅南下，23日偕王占元赴汉阳，查看兵工厂，24日在汉口召曹锟、张怀芝、王占元、赵倜会议，并晤日法英领事。4月25日段祺瑞由汉口东去，随行之“楚材”兵舰在黄州附近撞沉招商局“江宽”轮船，溺毙约四百人。25日段祺瑞到九江晤江西督军陈光远，27日抵南京，与江苏督军李纯、安徽督军倪嗣冲、上海护军使卢永祥会议，28日回北京。5月29日，曹锟因不满权力分配，又听闻徐树铮竟欲夺取直隶，以养病为名离开汉口返回天津，段祺瑞拟将第一、第二两军合并，任张怀芝为援粤总司令，结果6月8日张怀芝自江西回济南，南征受挫。8月20日新国会成立，安福系成为第一派系。8月21日，直系将领吴佩孚在衡阳接连发出罢战主和通电，并攻击段政府的亲日卖国政策，24日段祺瑞发电痛斥，直皖矛盾加剧。8月31日因南方战事不顺通电辞职，带有“政治倒冯”意味。9月26日、10月3日，吴佩孚发动湖南前线南北将领两次联电反对段祺瑞的主战政策，段祺瑞无可奈何，10月3日致书参议院主选曹锟为副总统，以拉拢直系将领。10月10日冯国璋代理总统期满下台，安福国会选举徐世昌任总统，段亦去总理职，11月15日专任督办参战事务处督办，仍把持朝政。12月3日，大总统徐世昌召段祺瑞、曹锟、张作霖、王占元、倪嗣冲、张怀芝、孟恩远及全体阁员会议，商南北和议问题。
西原借款
1917年至1918年间段祺瑞政府和日本签订的一系列公开和秘密借款的总称。
1917年7月，段祺瑞重任中华民国国务总理后，为推行“武力统一”政策，镇压孙中山倡导的护法运动，不惜出卖国家权益，向日本大量借款。1917-1918年，段祺瑞共向日本借款5亿日元。其中由西原龟三与段祺瑞政府的曹汝霖、陆宗舆、章宗祥商办议定的有吉会铁路、满蒙四铁路、吉林、黑龙江两省的森林和金矿、有线电信、参战、交通银行等八项借款，共计1.45亿日元。
通过这一借款，段祺瑞把中国山东和东北地区的铁路、矿产、森林等权益大量出卖给日本。
寺内正毅曾得意地说，通过向中国借款，日本所攫取的政治、经济特权“何止十倍于二十一条”。段祺瑞则利用这一借款，建立起“参战军”，进一步加强了皖系军阀的实力。
中日协定
1918年5月16日，日本陆军少将斋藤季治郎与段祺瑞政府代表靳云鹏，在北京秘密签订《中日陆军共同防敌军事协定》。19日又签订《中日海军共同防敌军事协定》。
“协定”的主要内容是：中国与日本采取“共同防敌”的行动；日本在战争期间可以进驻中国境内；日军在中国境外作战时，中国应派兵声援；作战期间，两国互相供给军器和军需品。
通过“协定”，日本派出大批军队进入中国东北，日本迅速取代了沙俄在东三省北部的侵略地位，中国则面临沦为日本附属国的局面。
直皖战争
1919年5月4日，中国外交在“巴黎和会”上失败的消息传到北京，爱国运动爆发，段祺瑞公然袒护卖国的曹、章、陆，并主张在“巴黎和约”上签字。7日上海举行国民大会，要求惩办段祺瑞、徐树铮、曹汝霖、陆宗舆、章宗祥，释放被捕学生，收回青岛，废除一切有损国权条约。7月20日裁撤督办参战事务处，改设督办边防事务处，仍以段祺瑞为督办。9月15日晋授大勋位。11月5日段系大将靳云鹏组阁，段祺瑞以“太上总理”自居，对靳云鹏处处刁难，二人渐渐不睦。12月冯国璋死后，曹锟被拥为直系军阀首领，直皖冲突继续。
1920年3月18日，驻湘直军第三师师长吴佩孚，混成旅旅长王承斌、萧耀南、阎相文等开始撤防北上。3月28日段祺瑞自北京出居团河，闭门谢客。5月17日在团河召开会议，命边防军集中北京一带，准备对吴佩孚军事（段拟自驻郑州迎击吴军），未施行。6月4日段祺瑞、徐树铮宣称动员讨伐南军。6月14日边防督办处宣布废止中日军事协定，表示愿开南北和会，示好孙中山等。6月19日张作霖入京“调停”直皖之争。22日直奉两派的主要人物赴保定会商，秘密商定联手反对皖系，23日段祺瑞答覆孙中山表示悔祸赞同，27日段祺瑞自团河回北京，与张作霖商时局。7月3日曹锟、张作霖、李纯通电讨徐树铮，宣布其六大罪，5日段祺瑞下令边防军动员，6日边防军开始向长辛店、廊坊等地出动。8日段祺瑞自团河回北京，召集将军府会议，即呈劾曹锟、曹锳、吴佩孚。9日大总统徐世昌在段祺瑞压力下，令免第三师师长吴佩孚职，令交陆军部惩办，曹锟褫职留任。7月10日，段祺瑞自任“定国军”总司令，徐树铮为副总司令兼参谋长，段芝贵为前敌总指挥，曲同丰（边防军第一师长）、魏宗瀚（第九师长）、陈文运（边防军第三师长）、刘询（第十五师长）等分任各路司令。7月12日，曹锟、张作霖、李纯、王占元、陈光远、赵倜、蔡成勋（绥远都统）、马福祥（宁夏护军使）等通电讨安福系，并责边防军之出动。7月14日直皖战争爆发，顺直省议会、天津总商会、直隶商会联合会通电宣布段祺瑞三大罪状。段祺瑞任命段芝贵为西路总司令、徐树铮为东路总司令，皖系兵力为五个师有三个混成旅共六万人，曹锟则联合奉系，授予吴佩孚前线军事指挥权，直军四万人，数日内皖系彻底失败。16日广州军政府岑春煊等电讨段祺瑞，19日段祺瑞通电饬前方一律停止进攻，并自请罢免官职，解除定国军名义，京汉、京奉线战事停止。7月21日直奉军宪兵入北京，段祺瑞自戕未成。28日大总统徐世昌准督办边防事务兼管理将军府事务段祺瑞免本职，撤销督办边防事务处，撤消西北边防军名义，此后段移居天津，与奉系张作霖及南方孙中山联合反对直系统治。
尔后段虽仍活跃于政治舞台，但其实力已然不可同日而语，直皖战争的失败是段人生的转折点。
临时执政
1922年1月奉直交恶，2月13日段祺瑞自北京到天津，作反直系活动，5月直系军阀战胜奉系掌控了北京政局。1923年1月26日，孙中山派于右任赴天津晤段祺瑞，会商联合反直；8月6日段祺瑞对日本记者谈话，声称“将领导反直系运动”。1924年3月7日，被孙中山任命为北洋招讨使的曲同丰离粤北上，将赴津、奉与段祺瑞、张作霖商谈倒直。3月13日为段祺瑞六十寿辰，尽管他一再登报表示谢绝隆重祝寿，然而参加寿筵者竟达千人之多，段祺瑞见各派政治力量代表集聚一堂，恐难措辞，乃托辞久病新愈，绝不见客。1924年9月3日江浙战争爆发，9日段祺瑞通电讨伐曹锟，15日第二次直奉大战爆发。10月12日冯玉祥派贾德耀自滦平赴天津与段祺瑞密洽，请段出山，18日段祺瑞代表宋子扬到滦平晤冯玉祥。10月23日，冯玉祥发动北京政变，囚禁贿选总统曹锟，前线直系部队全线溃退，26日冯玉祥、胡景翼、孙岳通电拥段祺瑞为国民军大元帅，并电请孙中山即日北上指导，29日段祺瑞通电响应冯玉祥等，30日张作霖、卢永祥等联名推段祺瑞为联军统帅。11月10日张作霖、冯玉祥到天津，与段祺瑞会议，段主和平，意在保存直系一部份势力，以维均势，15日张作霖、冯玉祥、卢永祥等推段祺瑞为“中华民国临时执政”，22日入京，24日就任临时执政（总揽军民政务，统率海陆军）注（7），再次上台，成为中华民国的元首，实际上仅仰奉系鼻息，28日各国公使因日使之斡旋，分班贺段祺瑞，但不含承认之意。12月1日段祺瑞电劝吴佩孚放下屠刀，勿碍统一。12月6日段祺瑞令监视曹锟，听候公判。12月18日段祺瑞派许世英、叶恭绰赴天津迎孙中山，31日孙中山抱病入京，段祺瑞却已提出召集“善后会议”以抵制孙中山所主张的国民会议。
1925年1月1日段祺瑞下大赦令，又命废止将军府，邀请孙中山、黎元洪参加善后会议。2月1日善后会议在北京开幕，段祺瑞发表政治建设宣言，4日电令各省区停止军事行动。3月12日孙中山在北京病逝，段琪瑞并未参加祭奠。3月16日段祺瑞公布十四年八厘公债条例，债额一千五百万元，以停付之德国庚子赔款项下之款为担保。4月13日段祺瑞公布临时参政院条例。4月21日善后会议结束，24日段祺瑞公布善后会议议决之《国民代表会议条例》、《军事善后委员会条例》、《财政善后委员会条例》，下“取消法统”令。5月7日，北京学生为纪念国耻日集会请愿，被警察捕去十八人，10日段祺瑞下令诰诫学生，11日学潮结束。7月1日南方国民政府成立，13日中国国民党中央执行委员会对段祺瑞发最后忠告，请开国民会议预备会议，以议决废除不平等条约。1925年7月30日临时参政院开幕。11月22日奉军郭松龄部反奉，与直军冯玉祥部联合宣布与执政府断绝关系，段祺瑞无所适从。11月28日，北京工人学生举行国民革命大示威运动，北京大学教授朱家骅、顾孟余等指挥，包围段祺瑞宅，要求段氏下野，组织国民政府，大众捣毁章士钊、李思浩、梁鸿志、朱深、曾毓隽住宅，29日北京各团体继续行动，在天安门开国民大会，冯玉祥表示对段祺瑞仍然支持。30日段祺瑞准备修改政府制，设责任内阁。12月5日段祺瑞电请冯玉祥、岳维峻、孙岳、萧耀南、孙传芳、方本仁、邓如琢、郭松龄八人会议法统、内阁、东三省及直鲁问题，无人理睬。12月25日令增设国务院。12月30日，段祺瑞的心腹徐树铮被冯玉祥密令部下枪杀，段祺瑞闻讯晕倒，醒后大哭，悲痛异常。
1926年1月9日，段祺瑞通电表示随时可以下野。1月14日北京举行反日国民大会，要求惩办段祺瑞等。2月21日段祺瑞下令讨伐吴佩孚。3月17日，北京各界人士请愿驳覆八国通牒，被段祺瑞卫队刺伤十余人。3月18日，北京各界反帝人民群众五千余人在天安门举行反对八国“最后通牒”的国民大会，会后游行示威，执政府卫队向请愿队伍开枪，死四十七人，伤一百五十五人，造成“三一八惨案”。段祺瑞作为最高军政长官具有不可推卸的责任。20日中国共产党发表“为段祺瑞屠杀人民告全国民众书”，贾德耀内阁对三一八惨案引咎辞职，段祺瑞亦下令抚恤。27日国民政府因三一八惨杀案通电讨段祺瑞，上海及各地市民均开会追悼被害者。4月段祺瑞图谋联合奉、直，打击冯玉祥国民军，被鹿钟麟察觉事泄。4月9日晚，鹿钟麟派兵包围执政府，将卫队缴械，10日段祺瑞应允辞职，要求出京，鹿钟麟不准。4月11日晨，段祺瑞逃入东交民巷，令外交总长胡惟德代理国务。15日国民军退出北京，16日段系吴光新部唐之道师自通州入北京，自称警备总司令，拥段祺瑞复职，17日段祺瑞出东交民巷，宣告复执政职，并电询张作霖、吴佩孚对时局意见，不为吴佩孚、张作霖所重视，遂于20日通电下野，退居天津日本租界当寓公，自号“正道居士”。1927年4月8日段祺瑞等自天津赴大连。
段祺瑞后人
段祺瑞的嫡出和庶出子女有五六个幼儿夭折，长大成人的子女一般过着平常的生活，和声名显赫的段祺瑞形成了强烈的反差。
段祺瑞对长子段宏业寄予了很大的希望，但是段宏业从小就不务正业，棍棒也没有使这位公子哥有什么出息。他先后娶了九个老婆，除了造就了一个大家庭，一事无成。
段宏刚是段祺瑞二弟段祺辅（过继给段祺瑞伯父段从高为嗣）的长子，在段家同辈中排行老二，自幼随段祺瑞长大。与大哥段宏业不同，段宏刚追随段祺瑞经历了不少的大事。
段祺瑞二女儿段宏彬，生于1902年，后与一位留美的青年张直宏结婚，夫妇后来长期生活在美国。2002年。百岁老人段宏彬在美国去世。
段祺瑞的三女儿负责段公馆的家事。
段祺瑞执政府旧址
段祺瑞执政府旧址在东城区张自忠路3号，原名铁狮子胡同。清代这里有三座府第：东为和亲王府，中为贝勒斐苏府，西为和敬公主府。和亲王府的前身是贝子允府第。雍正十一年(1733)世宗五子弘昼改建为和亲王府。贝勒斐苏府，是清初恭亲王常颖的府第。清末，两府内的建筑全被拆除，重新建造了三组砖木结构的楼群：中间的主楼为欧洲古典式灰砖楼，东、西、北各有一座楼房。2009年10月21日晚，原段祺瑞执政府旧址大门被汽车撞毁，该处为国家级重点文物保护单位。
1912年袁世凯任中华民国临时大总统时，总统府和国务院设在这里；
1919年后，靳云鹏任国务总理兼陆军总长，改为总理府；
1924年段祺瑞被北洋军阀推举为中华民国临时执政，这里改为执政府。1926年4月10日，北京发生了政变。驻北京的国民军将领鹿钟麟包围了临时执政府，段祺瑞出逃；执政府倒台，由冯玉祥将军接管。王树常任北平卫戍司令时。又改为北平卫戍区司令部。
1937年前这里改为二十九军驻北平军部及冀察政务委员会。
1937年这里成为冈村宁次为首的日本华北驻屯军总司令部，东院则是以喜多为首的日本特务机关兴亚院。
1945年后改为十一战区长官司令部和国民党北平警备司令部。
1949年中国人民大学作校舍。
1978年主楼由清史研究所使用。
段祺瑞历史评价
段祺瑞虽为军阀，但人格形象颇佳，以不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占的“六不总理”享誉于世。“北洋三杰”之一段祺瑞，被称为“北洋之虎”，曾任国务总理、执政，有“三造共和”的美誉，是当时少有的廉洁官员。段祺瑞虽为军阀，但人格形象颇佳，由于笃信佛教，平日多半吃斋，为人严肃刻板，不苟言笑，生活朴素，清廉如水，无积蓄、无房产。他一生做人信条是“不抽、不喝、不嫖、不赌、不贪、不占”，人称“六不总理”，享誉于世。在物欲横流、无官不贪的民国时期，他是个官场的另类。
段祺瑞因致电要求清帝退位、抵制洪宪帝制和讨伐张勋复辟这三件事，有“三造共和”的美誉。梁启超评价段祺瑞：“其人短处固所不免，然不顾一身利害，为国家勇于负责，举国中恐无人能比。”吴佩孚：“天下无公，正未知几人称帝，几人称王，奠国著奇功，大好河山归再造；时局至此，皆误在今日不和，明日不战，忧民成痼疾，中流砥柱失元勋。”
吴佩孚：“天下无公，正未知几人称帝，几人称王，奠国著奇功，大好河山归再造；时局至此，皆误在今日不和，明日不战，忧民成痼疾，中流砥柱失元勋。”
中华人民共和国成立初期，章士钊和毛泽东谈起段祺瑞，毛泽东呵呵一笑说：“有功有罪，已经化敌为友了嘛。